Ngay từ giai đoạn đầu của cuộc cách mạng, việc giành ưu thế trên biển là vấn đề sống còn với người Hy Lạp. Nếu họ không đương đầu được với hải quân Ottoman, họ sẽ không ngăn cản được quân Thổ tiếp tế cho các đạo quân đồn trú, đồng thời quân cứu viện của Thổ Nhĩ Kỳ từ các tỉnh châu Á cũng sẽ mặc tình đổ bộ lên Hy Lạp để đè bẹp cuộc khởi nghĩa.

Hạm đội Hy Lạp được trang bị chủ yếu bởi những người Hy Lạp giàu có tại những đảo trên biển Aegea, chủ yếu là từ ba đảo: Hydra, Spetsai và Psara. Mỗi đảo này trang bị, cung cấp thủy thủ và duy trì một phân đội chiến thuyền của riêng mình, dưới quyền một đô đốc riêng. Mặc dù họ là những thủy thủ dày dặn kinh nghiệm, thuyền chiến của Hy Lạp phần lớn chỉ là những thuyền buôn vũ trang, không phải là những thuyền chiến được đóng cho chiến trận, và chỉ được trang bị pháo hạng nhẹ[16]. Đối đầu với họ là hạm đội của Đế quốc Ottoman với nhiều ưu thế: thuyền chiến và thuyền hậu cần được đóng để phục vụ trong chiến tranh, được duy trì bởi nguồn nhân lực vật lực khổng lồ của Đế quốc Ottoman, bộ chỉ huy thống nhất và có kỷ luật bởi Kapudan Pasha. Lực lượng hải quân Ottoman bao gồm 23 thuyền buồm lớn, mỗi thuyền trang bị 80 hải pháo, với chừng 7 hoặc 8 tàu khu trục frigate với 50 pháo, 5 tàu hộ tống nhỏ corvette với 30 pháo và chừng 40 thuyền hai buồm nhỏ brig với chừng 20 pháo[17].

Đối mặt với thực tế như vậy, người Hy Lạp quyết định sử dụng hỏa thuyền, vốn đã chứng tỏ được tính hiệu quả bởi người Psaria trong Cuộc nổi dậy Orlov năm 1770. Trận đánh thử nghiệm diễn ra tại Eresos ngày 27 tháng 5 năm 1821, khi một tàu khu trục của Thổ bị một hỏa thuyền dưới sự chỉ huy của Dimitrios Papanikolis phá hủy. Như vậy người Hy Lạp đã có trong tay một vũ khí hữu hiệu để chống lại các chiến hạm của Thổ. Trong những năm kế tiếp, thắng lợi của hỏa thuyền Hy Lạp làm uy tín của họ không ngừng tăng lên, với việc kỳ hạm của hạm đội Ottoman bị Konstantinos Kanaris đốt cháy trong trận Chios, sau vụ quân Thổ tàn sát người dân Hy Lạp trên đảo tháng 6 năm 1822. Tổng cộng có 59 cuộc tấn công bằng hỏa thuyền với 39 vụ thành công.

Cùng thời gian, các cuộc đụng độ theo quy ước cũng diễn ra, khiến các thuyền trưởng Hy Lạp như Andreas Miaoulis, Nikolis Apostolis, Iakovos Tombazis và Antonios Kriezis trở nên nổi tiếng. Thắng lợi ban đầu của hải quân Hy Lạp trong các cuộc giao tranh với quân Thổ trong trận hải chiến at Patras và Spetsai làm hải quân Hy Lạp trở nên tự tin, đồng thời góp phần quan trọng vào sự tồn vong và thắng lợi của cuộc khởi nghĩa trên bán đảo Peloponnese.

Tuy nhiên về sau, nội chiến Hy Lạp nổ ra, đồng thời Thổ Nhĩ Kỳ cũng cầu viện từ chư hầu hùng mạnh nhất của mình là Muhammad Ali, phó vương Ai Cập. Vì cuộc huynh đệ tương tàn và những khó khăn tài chính, người Hy Lạp không thể tiếp tục duy trì hạm đội của mình ở trạng thái sẵn sàng ứng chiến, nên không thể ngăn cản được liên quân Thổ - Ai Cập tàn phá Kasos rồi Psara năm 1824, cũng như cuộc đổ bộ của quân Ai Cập lên Modon. Mặc dù giành được thắng lợi trong các trận hải chiến Samos và Gerontas, cuộc cách mạng đứng trước nguy cơ đổ vỡ, cho tới khi các cường quốc Âu châu can thiệp trong trận hải chiến Navarino năm 1827. Hạm đội Thổ - Ai Cập bị hạm đội liên hợp của Anh, Pháp và Nga đánh bại hoàn toàn, trên thực tế đảm bảo nền độc lập cho Hy Lạp.